灵帝见太平道如此厉害，慌忙于三月戊申（初三），任命河南尹何进为大将军（何皇后他哥），封慎侯，率左右羽林、五营营士屯都亭，修理器械，以镇京师；又命皇甫嵩、朱俊（朱儁）率军四万人，一同讨伐颍川郡的黄巾军。汉军准备仓促，人数又远远少于叛军，所以开始的时候，汉军只有挨打的份。五月，皇甫嵩用火计大破黄巾于长社（今河南长葛市老城），杀敌数万，从此汉军开始反击。（本来形势发展，对起义军有利。但是，他们一帮农民，缺乏作战经验，依革结营，结果被烧个底掉）六月，南阳太守秦颉破张曼成军，斩杀了张曼成。后来张曼成的部将赵弘、韩忠等又相继接班，都被朱俊、秦颉等一一平定（朱俊是平定了汝南等地之后来南阳的）。而另一方面，皇甫嵩和朱俊乘胜平定了汝南、陈国、阳翟等地。这时皇甫嵩和他叔叔相同的一根筋的一面表现了出来，他上书灵帝把功劳推给朱俊（人品高尚）灵帝对前线的事不知道啊，就给朱俊封了侯！（你说要是天下的人都像皇甫嵩一样，有这么高尚的人格，那共产主义早实现了！）随后，灵帝又命令皇甫嵩讨伐东郡，朱俊讨伐南阳。
同时，北中郎将卢植打败了张角，张角退守广宗，卢植围城。即将破城时，灵帝派来的监军小黄门左丰到了（怎么有这么巧的事，写小说？），卢植因为没贿赂小黄门左丰（宦官）被诬陷判了死缓，由东中郎将陇西人董卓代替卢植的职务（语出《资治通鉴》，但我总觉有太多巧合，不靠谱。而且陈寿的《三国志》及裴注中，都无此事之记载。）
八月，皇甫嵩在苍亭打败了卜巳率领的黄巾军，但董卓被张角打败，免职，于是朝廷叫皇甫嵩讨伐张角。十月，皇甫嵩与张角之弟张梁在广宗大战，用奇袭计大破黄巾，斩首三万，被*落水死者五万，张梁战死！此时张角已病死，尸体被人从棺材里拖出来，斩首送往京城。十一月，皇甫嵩又在下曲阳打败了张角的三弟张宝，张宝被杀，黄巾军被杀、被俘的共有十余万人。自此，黄巾军的主力基本被收拾干净了，黄巾起义失败！
黄巾起义在经历了短短的几个月后就迅速失败了（虽然在不久后又发生了好些起义，其中许多也打着黄巾军的旗号，但严格意义上来说不能把它们划入黄巾起义中）。但它在中华大地五千余年的历史中具有深远的影响，它是我国历史上第一次由宗教势力领导的农民起义，它奠定了道教今后主要在社会下层传播、发展的历史格局。同时，它也震撼了东汉王朝的根基，直接导致了东汉末年军阀割据、混战、进而演变为三足鼎立的局面。我国历史上，宗教势力领导起义的事件并不多见。中国古代，皇权压倒一切，不像在西方，教权可以压制皇权。公元11世纪时德意志国王亨利四世就不得不在卡诺莎凛冽的寒风中苦苦哀求罗马教皇格列高利七世的宽恕。而像十字军东征事件就更不用多说了。还有默罕默德所创立的阿拉伯帝国，它是一个政教合一的国家，他们的教派就是统治国家的组织，所以具有很强的组织性，而黄巾起义充其量只不过是农民自发的起来反对暴政的运动而已，它组织松散，虽然人多但大多是乌合之众，所以后来被官军各个击破，很快就失败了，它的失败具有历史的必然性，但它却大大推动了历史的进程！
