孔子又是我国历史上第一位自觉运用启发式教育方法的教育047家。孔子注重诱导学生主动开动脑筋思考。学生努力思考而不得要领，他才去开导；学生思考已有一点儿眉目却不能确切地表达出来，他才去启发。他非常重视培养弟子举一反三的思维能力，《论语·述而》载孔子说：“不愤不启，不悱不发，举一隅不以三隅反，则不复也。”孔子的意思是，不是弟子努力想弄明白某个问题却还没弄明白，就不去开导他；不到弟子想表达某种意思却表达不出来的时候，就不去启发他。不能由一件事情类推而弄明白其他许多事情，就不再去教他。
孔子特别重视学习，并且强调要把学和思结合起来。《论语·卫灵公》载孔子说：“吾尝终日不食，终夜不寝，以思，无益，不如学也。”意思是我曾经整日不吃饭，整夜不睡觉，来思考，没什么益处，不如去学习啊。《论语·为政》载孔子说：“学而不思则罔，思而不学则殆。”意思是只是学而不动脑子思考就会上当受骗，只是空想而不学就会陷入危险。朱熹《论语集注》解释“学”与“思”的关系，说得很清楚，他说：“学便是读。读了又思，思了又读，自然有意。若读而不思，又不知其意味；思而不读，纵使晓得，终是卼臲（兀臬，不安的样子）不安。……若读得熟，而又思得精，自然心与理一，永远不忘。”
孔子强调教学相长，师生互相促进。《论语·先进》载孔子评价颜渊说：“回也非助我者也，于吾言无所不说。”意思是颜渊不是帮助我的人啊，他对我说的话没有不喜欢的。颜渊悟性极高，对老师的话领会很快，但不能够质疑问难，所以孔子说他对自己没什么帮助。可知孔子是不希望弟子对自己言听计从的。王阳明《传习录》载有人问他“圣人果以相助望门弟子否？”王阳明回答说：“亦是实话。此道本无穷尽，问难愈多，则精微愈显。圣人之言，本自周遍，但有问难的人胸中窒碍，圣人被他一难，发挥得越加精神。若颜子闻一知十，胸中了然，如何得问难？故圣人亦寂然不动，无所发挥，故曰‘非助’。”孔子从弟子那里得到一点儿启发，他都会喜不自胜，比如前面提到的子夏对“绘事后素”的理解，以“礼后乎”作答，孔子很高兴，说：“启发我的是卜商啊！从现在开始可以跟你讨论《诗三百》了。”跟子夏的交谈之所以让孔子高兴，是因为他把绘画加在白色的底子上，类比为把礼施于人的仁德本性上，切合了孔子读《诗》的类比思维。
孔子的上课方式也很自由，大家聚在一起聊天，有什么说什么。孔子坐着，其他人或坐或站，各随其意。孔子上课的形式多样，比如他教《诗经》，总是配乐而唱，琴不离手，即使说话，也是一边弹琴，一边说话，这就是“弦歌一堂”。现在一些著名学者回忆自己从学的经历时说，自己的学问都是在跟老师的聊天中得来的，正是这个意思。
